采收后的蘑菇雖然離開了培養(yǎng)料，但它仍然是活的有機(jī)體，只是生命活動(dòng)的中心已變成以呼吸作用為主。此時(shí)菇體將體內(nèi)的有機(jī)質(zhì)分解、氧化，不斷地喪失水分和排出二氧化碳。代謝作用的結(jié)果使食用菌不斷地朝著衰老敗壞的方向進(jìn)行。
呼吸作用：貯藏中的食用菌，其呼吸作用影響著菇類的品質(zhì)變化、生理機(jī)能和貯藏壽命。菇體的呼吸作用消耗了大量的基質(zhì)，使之發(fā)生失重和變味。呼吸作用還可放出熱量，使貯藏場(chǎng)所溫度升高，縮短菇體的壽命。呼吸作用強(qiáng)，貯藏期短；反之，貯藏期可適當(dāng)延長(zhǎng)。
影響食用菌呼吸速度的因素很多，除了菇體的種類、品種特性、菇體的成熟度和完整度外，主要是溫度和空氣成分的影響。一般說來(lái)，在一定范圍內(nèi)，溫度升高，呼吸速度加快，溫度降低，呼吸速度減慢。但過低的溫度容易引起代謝反常，導(dǎo)致冷害。通常貯藏溫度以5℃左右為宜。
空氣成分是影響呼吸作用的另一重要因素?？諝庵醒醴謮航档突蛘叨趸挤謮涸龃蠖紩?huì)抑制呼吸作用。但氧分壓過低時(shí)，則會(huì)導(dǎo)致無(wú)氧呼吸增強(qiáng)，乙醇、乙醛等有害物質(zhì)在菌體中積累過多，產(chǎn)生生理失調(diào)，使菌體變質(zhì)變味。
水分散失。新鮮菇體含水量常高達(dá)85%～95%，水分多少會(huì)直接影響到菌體的鮮度和風(fēng)味。采收后的菌體會(huì)很快失去水分。水分散失的速度取決于蘑菇的種類、成熟度、環(huán)境的溫度、空氣濕度和流動(dòng)狀況等。在干燥的空氣及流動(dòng)的空氣中菇體失水快。低溫環(huán)境降低了菇體的呼吸強(qiáng)度，可減慢失水速度。菇體失水過多會(huì)引起收縮、起皺，菌蓋翻卷、開裂，木質(zhì)化程度高，質(zhì)地變硬，商品質(zhì)量顯著降低等。
生理生化變化。菇體采摘后，伴隨著呼吸作用加強(qiáng)以及水分散失等變化，菇體的化學(xué)組成也發(fā)生一系列變化，產(chǎn)生異味、變色等，直接影響到食用菌的品質(zhì)。這些變化主要有以下幾個(gè)方面： (1)子實(shí)體中某些化合物的產(chǎn)生：采摘后的子實(shí)體，隨著子實(shí)體的不斷成熟，乙烯釋放量不斷增加，特別是在菇體菌蓋破裂之后，菌褶由水紅色變?yōu)樽睾稚珪r(shí)，乙烯釋放量最高。乙烯是一種催熟劑，對(duì)菇體的呼吸和成熟有刺激作用。乙烯的產(chǎn)生對(duì)菇類的貯藏保鮮十分不利。(2)氧化代謝活性的變化：菇體在貯藏期間仍然進(jìn)行著一系列的生化反應(yīng)，這些生化反應(yīng)很大程度上與呼吸有關(guān)。 (3)酶促褐變。褐變不僅影響食用菌產(chǎn)品的外觀，而且影響其風(fēng)味和營(yíng)養(yǎng)價(jià)值，使其商品價(jià)值降低。食用菌褐變是由多酚氧化酶引起的。 在食用菌中，多酚氧化酶的主要作用底物是酪氨酸，故常稱之為酪氨酸氧化酶。酪氨酸在該酶作用下可形成一種黑色素，導(dǎo)致褐變發(fā)生。(4)自然氧化。新鮮食用菌在貯藏一段時(shí)間后，菇體內(nèi)的碳水化合物和脂類物質(zhì)等會(huì)發(fā)生自然氧化。碳水化合物會(huì)產(chǎn)生褐色、茶褐色物質(zhì)，同時(shí)散發(fā)出臭味和產(chǎn)生有毒物質(zhì)；脂類氧化也會(huì)產(chǎn)生異味和變色，甚至產(chǎn)生有毒物質(zhì)。
貯藏期間的微生物侵染及害蟲為害。食用菌因含有豐富的營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)而極易被微生物和害蟲侵染。
多年實(shí)踐證明，蘑菇貯藏保鮮應(yīng)從蘑菇的生理和病理兩方面上綜合進(jìn)行相應(yīng)的保鮮措施。蘑菇采收后，其同化作用就停止了，隨后蘑菇自生的呼吸作用直接間接影響了蘑菇的各項(xiàng)生理生化反應(yīng)過程，也因此影響著蘑菇的耐貯藏性和抗病性能力。所以說，要想解決好蘑菇的貯藏保鮮問題，就必須從蘑菇的生理和病理兩方面上著手。而通常蘑菇子實(shí)體中的水，要分三類：結(jié)構(gòu)水（組織內(nèi)部的）、游離水（細(xì)胞之間的）和體表水（環(huán)境的加濕或者是雨水）。鮮蘑菇采收后，由于蘑菇除自生的呼吸作用而放出大量的呼吸熱以外，還無(wú)時(shí)不刻地受著環(huán)境中微生物的侵害作用。同時(shí)我們用于貯藏保鮮的蘑菇有來(lái)源復(fù)雜，從產(chǎn)地上分有原生態(tài)的、林（田）間人工栽培和工廠化人工馴化育種栽培的等幾種。所以說，即便是同一種菌種的蘑菇，其貯藏保鮮方法也必須采用不同的有效保鮮措施，才有可能取得較好保鮮效果。另外，由于蘑菇貯藏保鮮的最終目的不同，又須分別考慮蘑菇的顏色、形狀（如開傘率）、口感（如綿、脆、潤(rùn)、韌等）、營(yíng)養(yǎng)成分（如活性物質(zhì)保有量等）以及含水率等等不同要求。我們已知蘑菇保鮮的因素：①失水對(duì)子實(shí)體耐貯藏性的影響；②呼吸作用對(duì)子實(shí)體耐貯藏性影響；③子實(shí)體貯藏期間的組織變色； ④子實(shí)體貯藏期間自然氧化（發(fā)黑）作用； ⑤環(huán)境微生物對(duì)子實(shí)體的侵害。
